Le Secrétariat d'État élabore et met en œuvre la politique du gouvernement dans le domaine de la mer sous ses divers aspects, nationaux et internationaux, notamment en matière d'environnement, d’économie maritime, de rayonnement et d’influence maritimes.
Le secrétaire d'État chargé de la Mer a autorité, par délégation de la Première ministre, sur l'inspection générale des affaires maritimes et, conjointement avec le ministre de l'Agriculture et de la Souveraineté alimentaire, sur la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture.
Les directions interrégionales de la mer (DIRM) sont en charge de la conduite des politiques de l’État en matière de développement durable de la mer, de gestion des ressources et de régulation des activités maritimes. Elles exercent les compétences de signalisation maritime des services des phares et balises et de gestion des centres interdépartementaux de stockage POLMAR (pollutions marines), et coordonnent l’ensemble des politiques de la mer et du littoral. En métropole, les quatre DIRM (au Havre, à Nantes, à Bordeaux et à Marseille) correspondent à quatre grands périmètres maritimes.
